Tỉnh Kumamoto nằm ở trung tâm đảo Kyūshū, đảo cực nam trong 4 hòn đảo lớn của Nhật Bản. Tỉnh này giáp với biển nội địa Ariake và quần đảo Amakusa ở phía Tây, với tỉnh Fukuoka và tỉnh Ōita ở phía Bắc và giáp với tỉnh Miyazaki ở phía Đông.

Ngọn núi Aso (1592 m) là ngọn núi lửa lớn đang hoạt động, nằm ở phía đông của tỉnh Kumamoto và là miệng núi lửa nổi tiếng nhất Nhật Bản.